Von der Leyen sprach sich nach längerer Bedenkzeit im Juli 2014 öffentlich für die Beschaffung bewaffnungsfähiger Drohnen für die Bundeswehr aus. 
Die „Drohnen-Frage“ war von der früheren schwarz-gelben Bundesregierung auch wegen der Affäre um die Aufklärungsdrohne Euro Hawk vertagt worden. Von der Leyen sicherte Mali militärische Unterstützung zu im Kampf gegen Islamisten. 
Von der Leyen sprach sich auch dafür aus, dass irakische Truppen deutsches Kriegsmaterial für ihren Kampf gegen die Terroristengruppe Islamischer Staat IS erhalten sollten. Am Tag nach der Weigerung der Bundesregierung (Kabinett Merkel III), an die kurdischen Kämpfer im Nordirak Kriegsgüter zu liefern, sagte Von der Leyen am 12. August 2014, dass das Verteidigungsministerium intensiv prüfe, die irakische Armee und damit auch die Kurden so schnell wie möglich durch deutsches Militärmaterial zu unterstützen. Jedoch schloss sie zunächst die Lieferung von tödlichen Waffen aus. Als Beispiel nannte sie die Lieferung von gepanzerten Fahrzeugen aus Bundeswehrbeständen, von Minensuchgeräten, Helmen, Schutzwesten und Sanitätsmaterial.

Von der Leyen mit General Bekir Ercan Van (links), Incirlik Air Base, Türkei (2016)
Ende Juni 2016 besuchte sie mit Genehmigung der türkischen Regierung die in der Incirlik Air Base stationierten Bundeswehr-Soldaten, nachdem dies Abgeordneten des Deutschen Bundestages verweigert worden war.

2015 behauptete das Projekt VroniPlag Wiki, dass Von der Leyens Dissertation aus dem Jahr 1990 in Teilen ein Plagiat sei. Auf 27 von 62 Seiten fänden sich Textübernahmen, die nicht als solche gekennzeichnet sind, was einem Anteil von 43,5 Prozent aller Seiten entspräche. Drei Seiten würden 50 bis 75 Prozent Fremdübernahmen und fünf Seiten mehr als 75 Prozent Plagiatstext enthalten.[133][134][135] Ende August 2015 bat Von der Leyen die Medizinische Hochschule Hannover (MHH) durch eine „neutrale Ombudsstelle“ um eine Überprüfung ihrer Dissertation, die daraufhin nach einer Vorprüfung eine förmliche Untersuchung einleitete.[136]

Der Senat entschied am 9. März 2016, dass Von der Leyen ihren Grad behalten darf, da es sich um einen minderschweren Fall handele.[137][138] Die Hochschuluntersuchungskommission stellte fest, dass 20 % der Arbeit fehlerhaft seien und sie Plagiate enthalte,[139][140][141][142] aber nur an drei Stellen „schwere Fehler“ nachzuweisen seien. Christopher Baum, der Präsident der Hochschule, erklärte: „Im zentralen Ergebnisteil der Dissertation wurden keine Mängel festgestellt. […] Die Ergebnisse der Dissertation waren wissenschaftlich neu, valide und von praktischer Relevanz.“ Insbesondere habe es „kein durch Täuschungsabsicht geleitetes Fehlverhalten“ gegeben.

Die Entscheidung der MHH wurde in zahlreichen leitenden Medien kritisiert. 
Spiegel Online berichtete, dass nicht genannte Kritiker im Vorfeld die Unbefangenheit der Kommission infrage gestellt hatten, da Von der Leyen der Vorsitzenden der Kommission aus dem Ehemaligenverein der Hochschule bekannt sei.
Der Tagesspiegel zitierte Gerhard Dannemann, Professor für Rechtswissenschaften an der Humboldt-Universität mit der Auffassung, bei 32 festgestellten Plagiaten auf 62 Seiten ein systematisches Vorgehen pauschal zu verneinen und einen „wissenschaftlichen Kern“ der Arbeit von den Plagiaten abzuspalten, widerspreche geltendem Recht.
 Laut Spiegel Online kritisierte er, dass es gerade bei der medizinischen Arbeit Von der Leyens besonders gefährlich sei, dass sie 23 Fehlverweise enthalte, bei denen die angegebenen Quellen die zitierten Inhalte gar nicht belegten.
Reinhard Müller kritisierte in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung die mangelnde Transparenz des Verfahrens.
 Die Neue Zürcher Zeitung kommentierte, der niedrige Standard der Dissertationen habe dazu geführt, „dass der Europäische Forschungsrat den deutschen «Dr. med.» nicht als vollwertigen Doktortitel anerkennt.“
 Laut Stern kritisierte die Medizinprofessorin Ursula Gresser in einzelnen Punkten die Qualität der Dissertation und arbeitete anhand des „Negativbeispiels“ entsprechende Empfehlungen für ihre Doktoranden aus.

Von der Leyen selbst erklärte zu dem Ergebnis der Untersuchung, dass Teile ihrer Arbeit nicht den Ansprüchen genügten, die sie an sich selbst stelle