テーマは、CotEditorのエディタのカラーリング定義をまとめたものです。
CotEditorのテーマでは、エディタの表示を構成する要素の配色を設定することができます。
| 項目 | システムカラー | 不透明度 | 説明 |
|---|---|---|---|
| 文字 | ハイライトがされていない文字に使用される基本の文字カラー。また、行番号もここで設定したカラーが使用されます。 | ||
| 不可視文字 | ✔︎ | 「ウインドウ」設定で設定できる不可視文字の表示カラー。 | |
| カーソル | ✔︎ | ✔︎ | テキストの挿入ポイントに表示されるカーソルのカラー。 |
| 背景 | エディタ全体の背景。 | ||
| 現在の行 | ✔︎ | 「ウインドウ」設定で現在の行を表示する設定にしたときに現在行の背景。 | |
| 選択範囲 | ✔︎ | エディタでテキストを選択したときの選択範囲の背景。 | |
| ハイライト | ✔︎ | 「編集」設定で「選択した文字をハイライト」を有効にしたときなどに使われる、テキストの部分ハイライト用カラー。このカラーをベースに不透明度を下げたものがハイライト背景に使われます。 | |
| シンタックス | ✔︎ | シンタックス定義で設定されるシンタックスカラーリング要素ごとのハイライト文字カラー。 |
カーソルや選択範囲などのいくつかのエディタを構成する要素は、macOSの「外観」システム設定によって決定されるシステムカラーが存在します。CotEditorテーマで「システムカラーを使う」にチェックを入れたときは、テーマ固定のカラーではなくシステム（「システム設定」＞「外観」）で設定されたハイライトカラーが使われます。CotEditorではこのチェックを外してテーマ独自のカラーを設定することもできます。
不可視文字やカーソル、さらにシンタックスハイライトではカラーに不透明度を設定することができます。一方、基本となる文字カラーとそのほかいくつかの項目では不透明度の設定はできません。これら不透明度をテーマで設定できない要素は、エディタの不透明度などの状態によって、自動的に不透明度が調整されることがあります。
設定したいテーマを選択する手順は次の通りです。
既存のテーマを参考にして独自のテーマを作成するには、アクションポップアップメニュー 
から「複製」を選択してください。アクションポップアップメニューから自作のテーマを書き出したり外部テーマを読み込むこともできます。
テーマを設定する手順は次の通りです。
変更は自動で保存されすぐに反映されます。
同じテーマ名で片方の末尾に「 (Dark)」が付いている対のテーマは、ウインドウの外観モードに応じて自動的にテーマが切り替わって使用されます。このとき、ライトモード用のテーマ名はテーマ名のみ、または末尾に「 (Light)」が付いたものどちらでもかまいません。例えば、バンドルされているテーマのうち「Anura」と「Anura (Dark)」は対になっており、ライトモードのときは「Anura」が、ダークモードのときは「Anura (Dark)」が使われます。
ただし、外観テーマと逆のテーマをデフォルトテーマとして設定した場合は、外観モードに関わらずそちらが優先して使われます。
CotEditorテーマファイルは「.cottheme」という独自の拡張子を持ち、ファイルフォーマットはJSONと16進カラーコードを基調としています。