日本語Shift JISのエンコーディングには複数のバリエーションが存在します。CotEditorでは、4種類の日本語Shift JIS系エンコーディングを区別して、それぞれ以下の下記の名称で扱います。「日本語（Mac OS）」と「日本語（Windows, DOS）」は名称に「Shift JIS」が含まれませんが、どちらもShift JISの拡張版です。適切なエンコーディングは場合によって異なりますが、一般には「日本語（Shift JIS）」が無難です。
| エンコーディング名 | IANA文字セット名 | 説明 |
|---|---|---|
| 日本語（Shift JIS） | shift_jis | 最も基本的なShift JISです。漢字第一、第二水準をサポートします。 |
| 日本語（Shift JIS X0213） | Shift_JIS | 文字コード規格JIS X0213（第一〜第四水準）が扱えます。 |
| 日本語（Mac OS） | (x-mac-japanese) | Mac独自の機種依存文字などを加えたものでMac OS 9以前で使われていました。 |
| 日本語（Windows, DOS） | cp932 | Windows独自の機種依存文字などを加えたものです。 |
同じShift JISファミリーでも、一部の文字の取り扱いについて下記のような違いがあります。これらの文字を使う場合にはエンコーディングの違いに注意してください。
| 半角円マーク（¥） | 半角バックスラッシュ（\） | 半角チルダ（~） | |
|---|---|---|---|
| Shift JIS | 使用可 | 全角バックスラッシュ（＼）に置換 | クエスチョンマーク（?）に置換 |
| Shift JIS X0213 | 使用可 | 全角バックスラッシュ（＼）に置換 | 全角チルダ（〜）に置換 |
| Mac OS | 使用可 | 使用可 | 使用可 |
| Windows, DOS | 半角バックスラッシュに置換（\） | 使用可 | 使用可 |
これらの互換性のない文字が書類に含まれているかどうかは、「表示」＞「インスペクタ」＞「警告」で確認できます。