「フォーマット」設定の「書類中のエンコーディング宣言を参照」が有効な場合、書類中のcharset=, encoding=, @charset, encoding:, coding:タグを読み取り、記述に矛盾がなければこのタグの記述を優先します。
これらの記述はコメントの中であっても有効ですし、地の文として書かれていても読み取られます。もし、書類のエンコーディングでないものをcharset=などのエンコーディング指定タグとともに記述する必要がある場合には、その記述よりも前に実際のエンコーディングを書き込むか、「フォーマット」設定の「書類中のエンコーディング宣言を参照」のチェックを外してください。
charset, encodingの直後にスペースなど=以外の文字があってはいけません。charset=, encoding=の後ろは、"で囲っていなくても認識します。