Un cosplayer di Shinji Ikari in plugsuit
Immediatamente dopo la conclusione della serie, Shinji si posizionò secondo fra i personaggi maschili più popolari del momento in un sondaggio condotto nel 1996 dalla rivista giapponese Animage, con soli duecento voti di scarto rispetto al personaggio più popolare, Duo Maxwell di Gundam Wing[138]. Nelle classifiche dei due anni successivi riuscì invece a salire al primo posto. Nel sondaggio del 1997 ottenne circa 1 200 voti, più del doppio rispetto al secondo personaggio in classifica[139][140]. Nel 2002 l'emittente televisiva TV Asahi lo inserì al 77º posto tra i personaggi più popolari della storia dell'animazione giapponese[141] e al 25º in una classifica simile del 2007 limitata agli eroi di sesso maschile[142]. Un analogo risultato si registrò in occasione di un'indagine del 2014 rivolta agli stranieri residenti in Giappone; alla domanda «A quale personaggio aspiri a somigliare?», gli intervistati diedero una grande varietà di risposte, fra le più gettonate delle quali «Shinji Ikari» conquistò il settimo posto[143].
Anche la rivista specializzata Newtype ebbe modo di sottolineare la grande popolarità del personaggio. Nelle classifiche mensili sui personaggi animati più apprezzati del momento dai lettori del periodico, Shinji riuscì a conquistare in diverse occasioni le prime posizioni. Nell'agosto e nel settembre 2009 emerse al terzo e al primo posto[144][145]. Nel mese di ottobre dello stesso anno riuscì a posizionarsi al terzo posto e a rimanere il personaggio maschile più popolare di Neon Genesis Evangelion[146]. A marzo dell'anno seguente, Newtype lo elesse il personaggio maschile più popolare degli anni novanta[147]. Simili risultati si ebbero con il proponimento di sondaggi affini da parte della rivista Animage, nei quali Shinji emerse sesto nell'agosto 1996[148] e undicesimo a luglio 1998[149]. Nel 2012, l'emittente Fuji TV chiese a circa 14 000 appassionati quale fosse il miglior eroe animato di sempre; nell'occasione, Shinji Ikari ottenne il ventesimo posto fra i personaggi più votati[150]. Nel 2016 figurò tredicesimo in un sondaggio condotto dal sito Anime News Network sui migliori piloti dell'animazione giapponese[151].
Il personaggio di Shinji Ikari ha suscitato pareri molto contrastanti e ha diviso in due la critica. I detrattori ne hanno criticato la costante insicurezza e la totale assenza di tempra e risolutezza[152][153]. Ad esempio, Raphael See di T.H.E.M. Anime Reviews, parlando della caratterizzazione dei personaggi di Evangelion, trovata da lui «un po' cliché, o più semplicemente irritante», ha sottolineato l'atteggiamento pessimista di Shinji, «sempre giù di morale» e propenso a «piangersi addosso»[154]. Secondo il sito Japanator.com Shinji è un pilota mediocre e smidollato[155]. Nell'esaminare le differenze tra la pellicola Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance e la serie animata originale, myReviewer.com ha scritto: «Per sollievo di molti, Shinji non è così piagnucolone [come nella serie], e dimostra di avere una spina dorsale in più di un'occasione durante il film»[100]. Altrettanti sono stati i critici che ne hanno elogiato la caratterizzazione e il realismo; fra questi, la scrittrice statunitense Susan J. Napier, secondo la quale Shinji potrebbe essere eletto «il personaggio maschile con la psicologia più complessa mai creata»[156]. Sulla stessa linea di pensiero si è mostrato Chris Mackenzie, editore del sito web IGN, che lo ha inserito al 25º posto tra i migliori personaggi dell'animazione nipponica[157]. Per Nick Verboon di Unrealitymag.com Shinji «è uno dei personaggi più sfumati e popolari della storia dell'animazione giapponese», e malgrado il suo atteggiamento «frignone e da piagnucolone», dal suo punto di vista rappresenta «quella parte di noi che è incline a rinunciare e ad abbandonare le responsabilità personali»[158]. Jen Contino della rivista Anime Invasion ne ha elogiato la caratterizzazione e lo ha inserito in nona posizione fra i migliori personaggi animati di tutti i tempi[159].
Nel 2013, Lynzee Lam di Anime News Network lo ha inserito al primo posto fra i sette eroi più «piagnucoloni» della storia dell'animazione nipponica, apprezzandone però le motivazioni e il realismo psicologico[160]. Fa eco il suo collega Martin Theron, che, nella sua recensione sul film Evangelion 1.0, ne ha elogiato la verosimiglianza[161]. L'anno seguente, Ramsey Isler di IGN lo ha eletto miglior personaggio della storia dell'animazione giapponese, lodando l'originalità della sua caratterizzazione. Secondo il recensore, il personaggio suscita l'odio degli spettatori perché viene ingiustamente considerato «un fifone, spaventato, lamentoso, strisciante e senza speranza», critiche a cui ha risposto chiedendo: «Quale quattordicenne non lo sarebbe stato, dopo tutto quello che ha dovuto affrontare?». Isler ha concluso il suo commento dicendo: «Shinji è un personaggio che sfida gli spettatori, che non offre al pubblico un superficiale potere fantasy come ci si aspetterebbe da molti altri anime oltre Evangelion. Sì, è patetico, ma è proprio questo a renderlo bellissimo»[134].
Nel corso degli anni sono stati prodotti diversi articoli di merchandising ispirati al personaggio di Shinji, come magliette, biancheria intima[162], action figure[163], vari modellini collezionabili[164], gioielli[165], occhiali[166], riproduzioni dei suoi indumenti[167], profumi[168], bevande[169], lettori Sony[170] e un'intera linea di abbigliamento[171]. Shinji è stato usato anche per alcune campagne pubblicitarie della Japanese Racing Association[172] e per sponsorizzare una società culinaria specializzata in zuppe di miso chiamate "Shijimi del lago Shinji", dimostrandosi così popolare da aumentarne gli incassi e attrarre molti turisti all'omonimo lago soltanto per la bevanda[173][174]. Oltre che nei vari videogiochi tratti dalla serie animata originale, il personaggio è apparso in alcuni giochi distaccati dal franchise di Evangelion, come in Monster Strike[175], Super Robot Wars[176], Tales of Zestiria[177] e Puzzle & Dragons[178], e in un episodio dell'anime Shinkansen henkei robo Shinkalion, in cui pilota un treno trasformabile chiamato 500 Type Eva[179].
Ryo Ōyama, uno dei membri dello staff di Guilty Crown, ha paragonato il protagonista della serie animata, Shū Ōma, a Shinji Ikari e al ruolo da lui rivestito in Neon Genesis Evangelion, in quanto «sono entrambi rinchiusi nel proprio mondo, e non ne escono fuori». Secondo Ōyama, Shū è una sorta di «rielaborazione» del personaggio, ma Shinji è «più passivo» rispetto a lui[180]. Analoghi commenti sono stati fatti dall'attore Asa Butterfield, che lo ha paragonato al protagonista della pellicola Ender's Game da lui interpretato, Ender. Secondo Butterfield, entrambi i personaggi si «ritraggono dal mondo [esterno]», affrontano esperienze a loro nuove, e combattono contro nemici sconosciuti[181]. Anche Lain Iwakura, protagonista femminile della serie Serial Experiments Lain, e Simon di Sfondamento dei cieli Gurren Lagann[182] hanno molte affinità con il personaggio di Shinji[183]. Il gruppo britannico Fightstar lo ha omaggiato intitolandogli un brano dell'album One Day Son, This Will All Be Yours[184]. Jordan Vogt-Roberts, regista del film Kong: Skull Island, ha inserito un personaggio chiamato Gunpei Ikari nella pellicola prendendo spunto dal cognome di Shinji[185].
